Les chakra sont issus d'un système de croyances philosophiques issues de l'Hindouisme. Les premiers textes qui en parlent sont écrits en sanscrit. Pour les personnes adhérant à ces croyances, ils ont une réalité physique et physiologique au même titre que d'autres organes, même si cette physique est, dans leur conception, beaucoup plus subtile. En occultisme, il est affirmé que la clairvoyance permettrait de les voir comme des centres de lumière et d'énergie.
Des chercheurs se disant « indépendants » ont cherché à confirmer l'existence de ces points et à donner une explication à leur fonctionnement (le Dr Janine Fontaine, pour n'en citer qu'un exemple français). De nombreuses personnes — des milliers selon certains — disent avoir la capacité de les toucher et/ou de les voir (voir la référence M.L. LaBonté en bibliographie) ; cela ne serait qu'une question d'entraînement et de détente.
Ceux qui examinent les chakra les décrivent comme des organes vivants. Ils auraient pour fonction la régulation de « l'énergie » entre les différentes parties du corps, et entre le corps, la terre et l'univers. Soumis aux aléas de santé de l'individu, ils présenteraient des symptômes de rigidité ou d'affaissement, d'encombrement ou de perte de vitalité. Ils communiqueraient entre eux et seraient capables de se compenser mutuellement. Réciproquement, une action « d'harmonisation énergétique » (de type acupuncture, même si celle-ci ne travaille pas directement sur les chakra) aurait des répercussions sur la santé de l'individu.
De plus, les chakra correspondraient à des plexus et à des glandes, ce qui signifie que leurs localisations auraient une fonction avérée dans la Biologie et même le Psychisme de l'individu. La Science nie une quelconque réalité subtile, traitant les glandes et les plexus comme des parties distinctes.
La médecine chinoise traditionnelle se base sur un modèle voisin du corps humain comme système d'énergie traversé par des vaisseaux et des points, ceux utilisés par l'acupuncture. Cependant, aucune preuve physique ou physiologique ne vient pour l'instant à l'appui de ce modèle.
Cependant, A l'exception du 6ème chakra (troisième oeil) et du 7ème chakra, les chakra sont situé sur le Vaisseau Conception qui est un méridien fondamental en médecine chinoise. Chaque chakra correspond à un point précis de ce méridien et a des actions sur les fonctions des diverses organes lui correspondant. Ainsi:
Le 1er chakra, « chakra de la racine » correspond au point no 3 du vaisseau conception (VC), il est en lien avec le métabolisme, le système lymphatique et la vessie. Il est lié aux glandes surrénales.
Le second chakra, c'est le Hara, (VC no 6), le centre de l'énergie, il est en lien avec les reins, l'appareil reproducteur, les intestins et le système immunitaire. Point maître du foyer inférieur. Il régit l'activité des ovaires et des testicules (les gonades)
Le troisième chakra, le Plexus solaire (VC no 12) est relié au pancréas, il a une action sur le foie et la vésicule biliaire ainsi que sur le système digestif (estomac). Point maître du foyer médian.
Le quatrième chakra, « chakra du c½ur » (VC no 17), est en lien avec le c½ur, le système circulatoire les poumons et le thymus. Le lien avec le thymus est important pour le travail avec les enfants car cette glande s'atrophie rapidement avec l'âge, il a pour fonction la production des lymphocytes au début de la vie. Point maître du foyer supérieur.
Le cinquième chakra, « chakra de la gorge » (VC22), c'est le centre du système respiratoire,en lien avec le fonctionnement de la glande thyroide, il est important pour le fonctionnement du cou, de la voix et des mains.
Le sixième chakra, le troisième ½il, situé sur le Vaisseau Gouverneur (VG) est le seul chakra qui n'a pas de point de correspondance avec les points du Vaisseau gouverneur, cependant il est en lien avec l'hypophyse, et soutient la fonction des yeux et du système nerveux.
Le septième chakra, « chakra coronal ou du ciel» (VG 20), il est en lien avec la glande pinéale (épiphyse), son action porte sur l'activité du cortex cérébral, il a une action importante sur la circulation de l'énergie dans le corps et sur les activités intellectuelles, la concentration et la mémoire. Il harmonise l'énergie yang du corps.
Le Reiki évoque les chakra.
Le concept de chakra est repris par le mouvement New Age qui a redéfini le code de couleurs représenté dans la première colonne du tableau ci-dessus.
La chakrologie est un néologisme quelquefois employé par des praticiens de médecine alternative ou des philosophes ésotériques, pour désigner l'étude des chakra.
Les Rosicruciens (étudiants de la philosophie Rose-Croix), ont un système décrivant les centres spirituels humains appelés "centres psychiques", qui est comparable.
Il y a de nombreuses et différentes écoles de chakrologie, certaines d'entre elles sont basées sur les anciennes traditions ésotériques tantriques indiennes, des interprétations New Age, des analyses occultes occidentales, etc.
Le physicien et philosophe ésotérique Arvan Harvat considère qu'il est très difficile de développer une science unifiée et cohérente des chakra qui intégrerait tous les éléments actuels.
En ésotérisme, le manipūra-chakra serait situé au niveau du plexus solaire, il aurait donc a un rôle dans la digestion. Quant au sahasrâra-chakra, il se situerait au niveau de la Glande Pinéale, qui sécrète la mélatonine, hormone liée au sommeil. Mais en occultisme on enseigne que c'est le chakra dans sa dimension subtile qui régulerait le plexus et la glande correspondante, et donc de proche en proche régit et harmonise le Psychisme de l'humain. Si, par exemple, l'hormone de la glande pinéale est sécrétée en quantité adéquate, ce serait en conséquence d'un chakra harmonieux, et l'individu aurait alors un sommeil régénérateur.
Le scientifique dira que c'est grâce à la sécrétion de la mélatonine, l'occultiste lui dira que c'est l'ouverture du sahasrâra-chakra qui offre un sommeil régénérateur.
Sri Swami Sivananda va même plus loin dans son livre Kundalinî-yoga, où il décrit les chakra comme des centres spirituels qui peuvent être activés à 100% grâce à la montée de la Kundalinî. Chaque chakra serait dépositaire de pouvoirs secrets endormis. Le mûlâdhâra-chakra activé, permettrait au Yogi de léviter et de se purifier de tout péché. Le vishuddha-chakra activerait la clairaudience. L' âjñâ-chakra, lui, garderait en lui le pouvoir caché de clairvoyance. Enfin Sahasrâra activé fournirait la Paix Suprême, l'Union Fusionnelle avec l'Etre Cosmique.
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